İlk müzik eğitimini TED Ankara Koleji'nde okurken aldı. Profesyonel müzik hayatı ise Hacettepe Üniversitesi Devlet Konservatuarı'na geçmesiyle başladı. Piyano eğitimini Ankara'da Prof. Nimet Karatekin ve Prof. Ersin Onay'la, Roma'da Marcella Crudeli ile, New York'ta Oxana Yablonskaya'yla ve Londra'da Kevin Kenner ile yaptı.
Piyano eğitimine, 13 yaşında, Nuriye Arıkan'dan özel piyano dersleri alarak başladı. Emre Şen 1986 yılında Hacettepe Üniversitesi Devlet Konservatuarı Yarı Zamanlı Piyano Bölümü'ne girdi ve bir yıl boyunca Prof. Nimet Karatekin'le çalıştı. 1987 yılından itibaren, Bilkent Üniversitesi Müzik ve Sahne Sanatları Fakültesi Piyano Bölümü'nde Prof. Ersin Onay ile çalışmalarına devam etti. 17 yaşında katıldığı İstanbul Mozart Yorum Yarışması’nda Birincilik Ödülü kazandı ve Avusturya Kültür Ofisi’nce gönderildiği Salsbourg Mozarteum Yaz Okulu’nda ünlü Polonyalı pedagog Andrej Jasinski ile çalıştı. Bilkent Üniversitesi'nde 8 yıl sürdürdüğü eğitimi boyunca BASO (Bilkent Akademik Senfoni Orkestrası) eşliğinde konserler ve resitaller verdi.
1995 yılında kazandığı 5. Roma Uluslararası Piyano Yarışması Birincilik Ödülü, Emre Şen’e Avrupa’da bir konser turnesi imkânı sundu ve bu dönem İtalya basını onu “Piyanonun Şeytani Meleği” olarak tanımladı. Aynı yıl kazandığı bursla Paris École Normale de Musique piyano bölümüne girdi. Bu süreçte, çalışmalarını İtalyan Piyanist Marcella Crudeli ile Roma'da sürdürdü ve Paris'teki okulun "Diplôme Supérieur de Concertiste" sınıfını piyano ve oda müziği dallarında birincilikle bitirdi. İki yıl sonra bu sınıfın birincileri arasında yapılan seçmelerde Albert Roussel Komitesi tarafından yine birincilik ödülü aldı.
1998 yılında bir yıl boyunca Amerika'da, New York'ta, Oxana Yablonskaya ile çalışan Emre Şen, lisans diplomasını 2000 yılında Üstün Yetenekler Yasası kapsamında Eskişehir Anadolu Üniversitesi Devlet Konservatuarı'ndan Sanat Teşvik Ödülü alarak aldı. Lisans üstü eğitimini, Amerikalı piyanist Kevin Kenner'la çalışarak, Londra'daki Kraliyet Koleji'nde üstünlük derecesi ve konçerto dalında birincilikle tamamladı.
Emre Şen, Türkiye'de İstanbul Müzik Festivali başta olmak üzere Ankara ve Anadolu Festivalleri'nde solo ve orkestra eşliğinde konserler verdi. Rusya, Almanya, İtalya, Fransa, İngiltere, İsrail, Polonya, Bulgaristan, Meksika, Avustralya ve Japonya'da verdiği konserler sonrasında yabancı basında kendisinden övgüyle söz edildi. 2001 yılında BBC Filarmoni Orkestrası, İş Bankası’nın etkinlikleri kapsamında Türkiye’de yapacakları konser için bir yarışma düzenledi. Viyolonsel, keman ve piyano dallarında katılan adaylar arasından seçilen Emre Şen, İstanbul’da BBC Filarmoni Orkestrası’yla Tschaikovsky’nin Birinci Piyano Konçertosu’nu seslendirdi ve bu konser İngiltere BBC3 radyo kanalında yayınlandı.
Emre Şen 2000 yılından itibaren Geştalt Psikoterapisi alanına yöneldi. Bu alanda Ankara'da 2003-2006 yılları arasında Doç. Dr Ceylan Daş'ın yaşantısal çalışma gruplarına katıldı. 2008 yılında, master düzeyinde Geştalt Psikoterapisi eğitimi almak üzere İngiltere'nin York şehrinde psikoterapist olarak eğitim almaya başladı. Geştalt kuramını sanatsal ifade ve performans ile birleştirerek "Sanatta Geştalt Yaklaşımı" adı altında bir yöntem geliştirdi ve Bilkent Üniversitesinde iki yıl boyunca bu alanda ders verdi.
Halen yurt içinde ve dışında konserler vermekte ve yaşantısal çalışma grupları düzenlemeyi sürdürmektedir.